Mikrobiom noworodka kształtuje się jeszcze przed jego urodzeniem. Duży wpływ na jego dalszy rozwój i skład ma rodzaj porodu. Dzieci urodzone siłami natury są skolonizowane przez drobnoustroje z dróg rodnych matki, natomiast dla noworodków, które przyszły na świat poprzez cesarskie cięcie, charakterystyczne są mikroorganizmy ze środowiska szpitalnego. Nieznane są jeszcze długofalowe skutki tej pierwszej kolonizacji, ale wiadomo, że metoda operacyjna wiąże się ze zwiększonym ryzykiem rozwoju wielu chorób, m.in. astmy, zaburzeń immunologicznych czy otyłości. Mikrobiom noworodka ma wpływ na dojrzewanie i rozwój układu immunologicznego, stąd wniosek, że może on mieć związek ze zwiększoną zapadalnością na infekcje dzieci urodzonych przez cesarskie cięcie. Dlatego ważne jest, aby po porodzie zapewnić dziecku odpowiednią dietę i warunki sprzyjające kształtowaniu się mikrobiomiu.
