Istotnym aspektem HTM jest odpowiedni dobór progestagenu, który może wpływać między innymi na tolerancję, większe ryzyko raka piersi i zakrzepicy żylnej. Dotychczas opublikowane wyniki badań wskazują, że najbardziej optymalne progestageny to dydrogesteron i mikronizowany progesteron, bez względu na drogę podawania estrogenów. Dlatego autorzy artykułu podczas HTM stosują najczęściej dydrogesteron i mikronizowany progesteron.