W skład ekosystemu pochwy wchodzą komórki nabłonka, wydzieliny oraz zasiedlające pochwę drobnoustroje. Pomiędzy poszczególnymi elementami ekosystemu pochwy występuje sieć interakcji, których zakłócenie na skutek czynników wewnętrznych lub zewnętrznych prowadzić może do różnego rodzaju upośledzeń funkcjonalnych oraz infekcji. Począwszy od trzeciego tygodnia życia pozałonowego, pochwa kobiety podlega dynamicznemu procesowi kolonizacji bakteryjnej.